1つしか商品を入れていないのに「共通の配送方法がないため、同時に購入できない商品が含まれています。」のエラーが出た

商品に適用されている配送方法が、設定>重要項目設定>配送方法設定で「消費者に非表示」の場合に発生します。
「消費者に非表示」ではショップ画面での注文時に配送方法の適用ができないため、「消費者に表示」に変更してください。